Бетадин разрешено использовать только под наблюдением врача при нарушениях функции щитовидки. С осторожностью его регулярно применяют при кожных повреждениях у людей с хронической почечной недостаточностью. Не рекомендуется регулярно применять препарат пациентам, которые пьют лекарственные средства с литием.
Мазь и раствор нельзя использовать при укусах диких и домашних животных, насекомых.
Суппозитории способны привести к получению ложноположительных результатов ряда исследований для выявления глюкозы и крови в моче, скрытой крови в кале. Также они способны повлиять на диагностические исследования – измерений с использованием радиоактивного йода, сцинтиграфии щитовидки, определения белково-связанного йода.